PyHealth

统一临床数据与模型,快速跑通医疗 AI 实验

开源 🏷️完全免费 ⏳ 访问状态待核验 行业应用 🍴 复刻 848 🐛 待处理 72 👀 关注 32
访问官网 ↗ GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 1692
维护状态 活跃
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 开源免费工具包,官网提供文档与使用入口

项目预览

PyHealth 项目界面预览图
图片来源:GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类行业应用
开发团队sunlabuiuc
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源免费工具包,官网提供文档与使用入口
访问状态⏳ 访问状态待核验
是否开源是
开源协议MIT
主要语言Python
技术栈/模型benchmark,clinical-data,clinical-nlp,clinical-research,data-mining,deep-learning,ehr,electronic-health-record,electronic-medical-record,healthcare,healthcare-ai,llm,machine-learning,medical-ai,medical-code,mimic-iii,mimic-iv,preprocessing,python,pytorch
GitHub 星标★ 1692
上线时间2020-08-03 00:00:00
代码更新2026-11-02
仓库体积149.8 MB
本站数据更新2026-11-03
维护状态活跃
收录时间2026-11-03
浏览次数1

项目介绍

PyHealth 是面向医疗健康 AI 的 Python 深度学习工具箱,目标是把分散、格式各异的临床数据统一成可复现的实验流水线。它内置对电子病历(MIMIC、eICU、OMOP 等)、临床文本、生理信号和医学影像的读取与预处理能力,提供 30 多个模型实现,覆盖预测、分类、时序建模等常见任务。项目强调可复现性,把数据加载、特征构建、模型训练与评测串成标准流程,降低医疗 AI 研究者的工程负担,让研究者能把精力放在方法与实验设计上。适合需要快速验证临床预测模型、做基准对比或教学演示的团队。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化,观测越久曲线越完整

数据来源:GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-11-03 · 当前星标 ★ 1692

使用教程

⚠ 本教程由 AI 依据该项目 README 整理;原始文档不完整,部分步骤为通用流程推断,实际安装请以项目官方文档为准。

难度:入门 约 10 分钟 部署方式:库/依赖 4 步

⚠ 该项目 README 未提供完整安装说明,以下步骤为通用流程,请以官方文档为准。

环境要求

  • Python 环境(README 未注明具体版本,以 PyPI 页面要求为准)
  • PyTorch(PyHealth 是基于 PyTorch 的工具箱)
  • 可访问 PyPI 以安装 pyhealth 包
  • 使用 MIMIC-III/IV、eICU、OMOP 等临床数据时需自行取得对应数据集的授权访问

安装与启动步骤

  1. 1确认 Python 环境

    先确认本机已装 Python 与 pip,可正常执行命令;README 未给出最低版本要求。

    python --version
    pip --version
  2. 2安装 PyHealth

    README 的 PyPI 徽章指向 pyhealth 包,可直接用 pip 从 PyPI 安装。

    pip install pyhealth
  3. 3验证导入

    在 Python 中导入包,无报错即说明安装成功。

    python -c "import pyhealth"
  4. 4按官方教程跑通流程

    README 指向 ReadTheDocs 教程与 Colab 示例,按其数据加载、建模、评测顺序体验。

如何确认成功

执行 python -c "import pyhealth" 无报错,即表示库已正确安装并可导入。

常见问题

Q:安装后导入报错怎么办?

A:先确认 pip 与 python 属于同一个解释器(可用 python -m pip install pyhealth 重装),再检查 PyTorch 是否已正确安装。

Q:需要自己准备临床数据吗?

A:需要。MIMIC、eICU、OMOP 等数据集各有独立申请与授权流程,README 未提供下载命令,请按数据集官方渠道获取。

Q:支持哪些数据类型?

A:README 说明支持电子病历(MIMIC-III、MIMIC-IV、eICU、OMOP)、临床文本、生理信号(EEG、ECG)和医学影像。

Q:有没有现成的上手示例?

A:README 提供了 ReadTheDocs 教程页与 Google Colab 教程入口,可从官网 pyhealth.dev 或文档站进入。

注意事项

  • README 节选未包含安装章节,安装命令依据 PyPI 徽章推断,请以官方文档为准。
  • 临床数据涉及隐私与授权,请勿使用未获授权或含个人身份信息的数据。
  • 训练深度模型建议在具备 GPU 的环境中运行,README 未给出显存要求。

核心亮点

  • 内置 MIMIC、eICU、OMOP 等主流 EHR 数据集的加载与预处理,省去大量清洗工作
  • 提供 30 多个模型实现和标准化训练评测流程,便于横向基准对比
  • 覆盖 EHR、临床文本、信号、影像多模态数据,一个工具链贯通多种任务

不足之处

  • 医疗数据集需自行申请授权,上手门槛和合规成本较高
  • 部分模型与数据集适配仍在演进,文档和示例覆盖不均衡

适用场景

  • 基于 MIMIC 做住院患者再入院或死亡率预测实验
  • 临床文本与结构化 EHR 联合建模的研究原型验证
  • 医疗 AI 课程或实验室中搭建可复现的基准实验环境

替代项目

MONAI、PyTorch Geometric、scikit-learn

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