Biomni

环境要求

• Conda（用于创建并激活 biomni_e1 环境）
• Python 环境（Biomni 为 Python 实现，通过 pip 安装）
• 已按 biomni_env/README.md 执行 setup.sh 完成庞大依赖环境搭建
• 至少一个可用的 LLM API Key（写入 .env 文件）
• 首次运行需下载约 11GB 数据湖，需预留磁盘与网络

安装与启动步骤

1. 1搭建基础环境

   README 提供 setup.sh 脚本一键安装庞大依赖环境，需先按 biomni_env/README.md 说明完成环境搭建，再往下走。

2. 2激活环境

   环境搭建完成后激活名为 biomni_e1 的 Conda 环境，后续命令都在该环境中执行。

   conda activate biomni_e1

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3. 3安装 biomni 包

   在激活的环境中用 pip 安装官方包并升级；想跟最新代码可改用 GitHub 源方式安装。

   pip install biomni --upgrade

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4. 4安装源码最新版

   可选：如果 pip 官方包不是最新，直接从 GitHub main 分支安装最新代码。

   pip install git+https://github.com/snap-stanford/Biomni.git@main

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5. 5配置 API 密钥

   推荐创建 .env 文件写入模型 API Key；使用 AWS Bedrock 模型时再补 Bedrock 相关配置。

6. 6初始化并运行

   在 Python 中导入 A1 初始化智能体，path 指向数据目录，首次运行会自动下载约 11GB 数据湖，再用 go 执行任务。

   from biomni.agent import A1
   agent = A1(path='./data', llm='claude-sonnet-4-20250514')
   agent.go("Your biomedical task here")

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7. 7安装文档依赖

   可选：需要生成 PDF 等文档时，macOS 用 brew、Linux 用 apt 安装 weasyprint，或用 pip 安装 pandoc。

   brew install weasyprint
   apt install weasyprint
   pip install pandoc

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关键配置

如何确认成功

Python 中成功导入 A1 并初始化，首次运行自动下载约 11GB 数据湖后 agent.go() 能正常执行任务，即表示启动成功。

常见问题

注意事项

• 必须先激活 biomni_e1 环境，再执行 pip 安装与后续操作。
• .env 文件方式被官方列为推荐的 API Key 配置方式。
• 首次初始化 A1 会下载约 11GB 数据湖，请预留磁盘和网络时间。
• Biomni 可统一编排文献检索、基因注释、药物靶点预测、单细胞分析等生物医学任务。