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环境要求
- Python 3.7.0(README 明确指定该版本)
- pip(用于安装 requirements.txt 中的依赖)
- PyTorch 环境(本项目为 Pytorch 实现,依赖由 requirements.txt 安装)
- 可存放 3D 医学影像数据与预训练权重的磁盘空间
安装与启动步骤
-
1克隆代码仓库
从 GitHub 拉取 MedicalNet 源码到本地任意目录,网络不通时可改用镜像或手动下载压缩包。
git clone https://github.com/Tencent/MedicalNet.git -
2进入项目目录
切换到刚克隆下来的仓库根目录,后续安装与运行命令都在此目录执行。
cd MedicalNet -
3准备 Python 3.7.0
按 README 要求安装 Python 3.7.0,建议用 conda 单独建虚拟环境,避免与其他项目的依赖冲突。
conda create -n medicalnet python=3.7.0 -y -
4安装项目依赖
在激活的 Python 3.7 环境中执行依赖安装,requirements.txt 位于仓库根目录,安装过程较慢请耐心等待。
pip install -r requirements.txt -
5获取预训练权重
README 节选中未给出权重下载链接,请到 GitHub 仓库页面获取 resnet_10/18/34/50_23dataset.pth,并按表格匹配参数字段。
-
6按参数加载权重
以 23 数据集权重为例,模型名与参数一一对应:resnet_10_23dataset.pth 用 --model resnet --model_depth 10 --resnet_shortcut B。
关键配置
| 配置项 | 必填 | 说明 | 示例 |
|---|---|---|---|
--model | 是 | 指定骨干网络类型,预训练权重均为 resnet | resnet |
--model_depth | 是 | ResNet 深度,需与所用权重文件名一致 | 10 |
--resnet_shortcut | 是 | 残差捷径类型,深度 10/50 用 B,18/34 用 A | B |
resnet_10_23dataset.pth | 否 | 基于 23 个医学数据集预训练的 ResNet-10 权重文件 | resnet_10_23dataset.pth |
resnet_50_23dataset.pth | 否 | 基于 23 个医学数据集预训练的 ResNet-50 权重文件 | resnet_50_23dataset.pth |
如何确认成功
权重文件下载完成且与 --model / --model_depth / --resnet_shortcut 参数严格匹配,代码即可加载权重开展微调。
常见问题
Q:可以用 Python 3.8 及以上版本吗?
A:README 明确要求 Python 3.7.0,更高版本可能导致依赖不兼容,建议严格按该版本创建虚拟环境。
Q:预训练权重从哪里下载?
A:本次节选未包含下载地址,请到 MedicalNet 的 GitHub 仓库页面查找权重下载入口,不要使用来路不明的权重文件。
Q:不同深度模型该怎么选?
A:数据量越小越建议用浅层模型(如 depth 10)减少过拟合;注意 depth 10/50 用 shortcut B,18/34 用 shortcut A。
Q:能否用于自己的分割/分类任务?
A:可以,项目定位就是迁移学习基线,加载预训练权重后把最后的分类/分割头改成自己的类别数再微调即可。
注意事项
- 项目依赖版本较旧(Python 3.7.0),建议使用独立 conda 虚拟环境安装,避免污染主环境。
- 使用代码或预训练权重时需按 README 中的 BibTeX 引用 Med3D 论文。
- 项目基于 MIT License 发布,商用前请阅读 LICENSE 文件确认条款。
- README 节选未提供数据预处理与推理脚本的具体命令,实际训练命令请以仓库完整文档为准。
核心亮点
- 提供多深度3D-ResNet预训练权重,可直接加载用于小样本医学任务迁移学习
- 基于大规模多病种医学数据预训练,相比从零训练能显著缓解过拟合
- 代码结构清晰,包含权重加载、微调与推理示例,便于快速复现和二次开发
不足之处
- 预训练数据未完全开源,复现完整训练流程受限
- 仅覆盖3D-ResNet系列,缺少Transformer等新架构的预训练模型
适用场景
- 医院或高校用少量标注CT做肺结节/肝脏分割
- 科研人员做医学影像分类的迁移学习基线对比
- 企业快速搭建医学影像AI原型验证
替代项目
MONAI、nnU-Net
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