ToolUniverse

环境要求

• Python 3.12 环境（推荐由 uv 管理，避免使用系统 pip）
• 已安装 uv 工具（可用官方脚本安装）
• 一个支持 MCP 的 AI 智能体（如 Claude Code），或终端环境
• 可选：Node.js/npx，用于安装 agent skills
• 可访问 PyPI 的网络环境

安装与启动步骤

1. 1让 AI 智能体自动安装

   打开你的 AI 智能体，粘贴下面这句话，它会引导你完成 MCP 配置、API 密钥、技能安装与验证。

   Read https://aiscientist.tools/setup.md and set up ToolUniverse for me.

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2. 2手动写 MCP 配置

   如果你不想让智能体代劳，就把这段 JSON 加到你的 MCP 配置文件中，command 用 uvx 拉起。

   {
     "mcpServers": {
       "tooluniverse": {
         "command": "uvx",
         "args": ["--refresh", "tooluniverse"],
         "env": {"PYTHONIOENCODING": "utf-8"}
       }
     }
   }

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3. 3安装 agent 技能

   为智能体补充 ToolUniverse 技能包，让它可以调用科研相关工具。

   npx skills add mims-harvard/ToolUniverse

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4. 4Claude Code 一键接入

   Claude Code 用户不需要写配置文件，两行命令即可添加市场并安装插件。

   claude plugin marketplace add mims-harvard/ToolUniverse
   claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

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5. 5安装 uv

   Python 开发者先装 uv：它在 Mac 上能避开系统 pip 的 externally-managed-environment 报错。

   curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

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6. 6建虚拟环境装 SDK

   用 uv 创建 3.12 虚拟环境并激活，再安装 tooluniverse 基础包（覆盖 API 与数据库工具）。

   uv venv --python 3.12 && source .venv/bin/activate
   uv pip install tooluniverse

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7. 7按需安装扩展工具

   本地 ML、化学信息学与绘图工具需要额外 extras，可全装或只装单个分组。

   uv pip install 'tooluniverse[all]'

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8. 8检查安装完整性

   运行诊断命令，查看还有哪些工具分组缺失，再按需补齐。

   tooluniverse-doctor

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关键配置

如何确认成功

运行 tooluniverse-doctor 可看到各工具分组的缺失情况；走 AI 智能体流程时会自动完成验证。

常见问题

注意事项

• README 明确建议不要使用系统 pip，请统一用 uv。
• --refresh 每次启动都会访问 PyPI 检查新版本，会影响启动速度。
• MCP 配置文件的具体位置 README 未给出，请以你的 AI 智能体文档为准。
• 基础安装只覆盖 API 与数据库工具，本地计算类工具需另装 extras。