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使用教程
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环境要求
- 能执行 gh skill 命令的环境(GitHub CLI)
- uv 包管理器,用于安装各技能的 Python 依赖
- Python 环境(按各技能 SKILL.md 分别安装依赖)
- 网络连接(数据库查询、托管模型、云平台需要联网)
安装与启动步骤
-
1安装 uv(macOS/Linux)
uv 是安装各技能 Python 依赖所用的包管理器,macOS 和 Linux 用官方脚本安装;Windows 见下一步。
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh -
2安装 uv(Windows)
Windows 用户在 PowerShell 中执行官方安装脚本;也可改用 pip install uv 的方式安装。
powershell -ExecutionPolicy ByPass -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex" -
3验证 uv 是否可用
安装完成后运行该命令,能正常输出版本号即表示 uv 已就绪;也可用 pip install uv 作为替代安装方式。
uv --version -
4浏览并安装技能库
使用 gh skill 交互式浏览并安装本仓库的技能;若尚未安装 GitHub CLI,需先自行准备 gh 命令环境。
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills -
5安装指定技能
只装需要的技能时可带上技能名,例如 scanpy;其他技能名以仓库内目录和 SKILL.md 为准。
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills scanpy -
6更新已装技能
一条命令批量更新所有已安装技能,保持与仓库最新版本一致。
gh skill update --all -
7安装开发校验工具
在仓库目录下执行 uv sync,安装仓库开发与校验所需的工具链;普通使用者按需执行。
uv sync
如何确认成功
运行 uv --version 能正常输出版本号,且 gh skill 安装完成后能在客户端中看到已加载的技能。
常见问题
Q:需要把全部 Python 包都装齐吗?
A:不需要。按各技能的 SKILL.md 只安装所用工作流的依赖即可;若工作流之间包或 Python 版本不兼容,请放到彼此隔离的独立环境中。
Q:某个技能跑不起来怎么办?
A:先查阅仓库的 Troubleshooting 章节;若问题依旧,请在 GitHub 上提交 issue,并附上详细的复现步骤。
Q:这些技能能离线使用吗?
A:本地分析在依赖、参考数据和模型文件都具备后可以离线运行;数据库查询、托管模型和云平台仍需要网络,具体看各技能的要求。
注意事项
- 安装前请阅读完整的 SKILL.md 和 scripts/ 内容,先扫描再安装,并固定版本而不是跟随分支。
- 建议在策略受控的沙箱环境中运行这些技能,参考仓库的安全说明与博客文章。
- 如需开箱即用的桌面端体验,可使用 K-Dense BYOK:自带 API Key、支持 40+ 模型并内置本仓库全部 177 个技能。
核心亮点
- 177 个技能已做验证,覆盖生物、化学、医学、药物发现等真实科研任务,开箱即用
- 接入 100+ 科学数据库,减少自己写 API 封装和检索逻辑的工作量
- 兼容 Cursor、Claude Code、Codex 等主流 Agent 客户端,并遵循开放 Agent Skills 标准,迁移成本低
不足之处
- 技能数量多但质量与维护状态可能参差,需要用户自行筛选和验证
- 依赖外部科学数据库和第三方 Agent 客户端,接口变动或配额限制会影响可用性
适用场景
- 生物信息学研究者让 AI 自动完成基因序列比对与注释
- 药物发现团队用 AI 批量预测候选分子的理化性质与靶点
- 临床科研人员快速整理医学文献并提取结构化研究数据
替代项目
LangChain、AutoGen
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