ClawBio

环境要求

• Python 3.11 及以上版本
• pip 或 conda 包管理器（二选一）
• 源码开发方式建议安装 uv
• 使用 Galaxy 桥接功能需 GALAXY_API_KEY

安装与启动步骤

1. 1pip 安装 ClawBio

   一条命令完成安装，需要 Python 3.11+；也可改用 conda 从 bioconda 频道安装。

   pip install clawbio

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2. 2跑 PharmGx 演示

   用官方演示数据验证安装是否成功，2 秒内即可跑完，不需要任何输入文件。

   clawbio run pharmgx --demo

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3. 3conda 方式安装

   如果你习惯用 conda 管理环境，可从 bioconda 频道安装，效果与 pip 安装一致。

   conda install -c bioconda clawbio

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4. 4源码方式安装

   需要开发或获取全部技能与完整演示数据时，克隆仓库后用 uv 同步依赖再运行。

   git clone https://github.com/ClawBio/ClawBio.git
   cd ClawBio
   uv sync
   uv run python clawbio.py run pharmgx --demo

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5. 5用自己的数据运行

   源码目录下用 clawbio.py 指定 --input 与 --output，支持 pharmgx、rnaseq、methylation 等技能。

   python clawbio.py run pharmgx --input my_23andme.txt --output results/
   python clawbio.py run rnaseq --input counts.csv,metadata.csv --output results_rnaseq/
   python clawbio.py run methylation --geo-id GSE139307 --output results_methylation/

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6. 6作为 Python 库调用

   在代码中导入 run_skill 与 list_skills，即可在脚本里调用技能并拿到结果对象。

   from clawbio import run_skill, list_skills
   result = run_skill("pharmgx", demo=True)
   result = run_skill("gwas-lookup", rsid="rs3798220", output="/tmp/report")

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7. 7装成 Claude Code 插件

   在 Claude Code 里添加 marketplace 并安装插件，所有技能即可被智能体路由调用。

   /plugin marketplace add ClawBio/ClawBio
   /plugin install clawbio

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8. 8接入编辑器技能目录

   Cursor、VS Code、Codex、Zed 等可直接读取 Agent Skills，把 skills/ 下的目录复制或软链过去即可。

   cp -r skills/* ~/.agents/skills/

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关键配置

如何确认成功

执行 clawbio run pharmgx --demo，2 秒内正常结束并输出 PharmGx 分析结果、无任何报错即安装成功。

常见问题

注意事项

• 所有分析本地运行，注意自行保管好输入数据与结果目录。
• MCP server（uvx --from 'clawbio[mcp]' clawbio mcp）已弃用，新项目不建议再接入。
• 跑测试时必须逐个指定测试路径，不要直接执行裸的 uv run pytest。
• 使用 Galaxy 桥接功能前需先设置 GALAXY_API_KEY 环境变量。