mudata

把多模态单细胞数据装进一个统一容器

开源 🏷️完全免费 ⏳ 访问状态待核验 数据集 🍴 复刻 28 🐛 待处理 16 👀 关注 5
访问官网 ↗ GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 135
维护状态 活跃
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 开源免费,文档站提供使用说明

项目预览

mudata 项目界面预览图
图片来源:GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类数据集
开发团队scverse
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源免费,文档站提供使用说明
访问状态⏳ 访问状态待核验
是否开源是
开源协议BSD-3-Clause
主要语言Python
技术栈/模型anndata,data-analysis,genomics,mudata,multi-omics,multimodal-omics-analysis,muon,scverse
GitHub 星标★ 135
上线时间2021-08-04 00:00:00
代码更新2026-11-13
仓库体积1.5 MB
本站数据更新2026-11-15
维护状态活跃
收录时间2026-11-15
浏览次数0

项目介绍

mudata 是 scverse 生态中面向多模态组学数据的 Python 实现,核心是定义并操作 .h5mu 文件格式。它解决的是单细胞多组学分析中不同模态(如 RNA、ATAC、蛋白)数据分散、难以统一管理的问题:把多个 anndata 对象按样本和模态组织进同一个容器,共享观测与变量索引,并统一落盘为 HDF5。核心能力包括:MuData 容器对多模态数据的增删改查与切片;与 anndata 无缝互操作,可直接复用单细胞分析流程;支持模态间对齐与联合嵌入结果的存放;提供读写 .h5mu 的 IO 层,便于跨工具交换。它本身偏数据结构和 IO 基础设施,具体分析算法多由 muon 等上层库承担,适合构建多组学流水线时作为统一数据底座。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化,观测越久曲线越完整

数据来源:GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-11-15 · 当前星标 ★ 135

技术标签

核心亮点

  • 与 anndata 深度互操作,单细胞生态工具可直接复用
  • 统一 .h5mu 格式,多模态数据读写和交换有标准落点
  • 支持按样本、模态组织数据并共享观测索引,切片灵活

不足之处

  • 项目仍处早期,星标和社区规模较小,生态成熟度待观察
  • 偏数据容器与 IO,缺少内置分析算法,需搭配其他库
  • 文档和示例相对精简,复杂多模态场景的实践参考有限

适用场景

  • 单细胞多组学(RNA+ATAC+蛋白)数据的统一存储与读取
  • 构建多模态分析流水线时作为数据底座
  • 在多个分析工具之间交换 .h5mu 格式数据

替代项目

anndata、muon、scanpy

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