CpGPT

用大模型读懂DNA甲基化,助力表观遗传分析

开源 🏷️完全免费 🔧 仅开源项目,无在线服务,需自行部署 开源模型 🍴 复刻 19 🐛 待处理 6 👀 关注 3
GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 84
维护状态 维护中
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 开源模型,本地部署,完全免费

项目预览

CpGPT 项目界面预览图
图片来源:GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类开源模型
开发团队lucascamillomd
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源模型,本地部署,完全免费
访问状态🔧 仅开源项目,无在线服务,需自行部署
是否开源是
开源协议NOASSERTION
主要语言Python
技术栈/模型aging,foundation-models,methylation
GitHub 星标★ 84
上线时间2025-03-27 00:00:00
代码更新2026-09-05
仓库体积1.2 MB
本站数据更新2026-11-08
维护状态维护中
收录时间2026-08-09
浏览次数6

项目介绍

CpGPT 是一个针对 DNA 甲基化数据的基础模型,旨在解决表观遗传学研究中数据复杂、样本量小、特征维度高的问题。它利用 Transformer 架构学习 CpG 位点之间的上下文依赖关系,能够对全基因组甲基化谱进行表征学习,支持下游任务如年龄预测、组织识别、疾病状态分类等。核心能力包括:无监督预训练、微调适配多种表观遗传任务、处理缺失数据、提供可迁移的嵌入表示。项目尚处早期,代码以 Python 实现,依赖深度学习框架,适合生物信息学研究者探索。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化,观测越久曲线越完整

数据来源:GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-08-09 · 当前星标 ★ 84

技术标签

核心亮点

  • 首个针对DNA甲基化的基础模型,填补领域空白
  • 基于Transformer架构,能捕捉CpG位点长程依赖关系
  • 提供预训练权重,支持下游任务微调,降低使用门槛

不足之处

  • 文档/社区待观察
  • 模型训练和推理资源需求较高,普通设备难以运行

适用场景

  • 科研机构进行表观遗传学关联分析
  • 生物技术公司开发甲基化标志物检测产品
  • 临床医院利用甲基化数据辅助疾病诊断

替代项目

Enformer、DNABERT、CpG Transformer

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