mLLMCelltype

多模型投票，单细胞注释又快又准

开源 🏷️完全免费 🔧 仅开源项目，无在线服务，需自行部署 开源模型 🍴 复刻 58 🐛 待处理 9 👀 关注 22
访问官网 ↗ GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 661
维护状态 活跃
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 开源项目，MIT许可证，完全免费，可自行部署使用。

项目预览

mLLMCelltype 项目界面预览图
图片来源：GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类开源模型
开发团队cafferychen777
官网地址https://www.mllmcelltype.com
GitHubhttps://github.com/cafferychen777/mLLMCelltype
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源项目，MIT许可证，完全免费，可自行部署使用。
访问状态🔧 仅开源项目，无在线服务，需自行部署
是否开源是
开源协议MIT
主要语言Python
技术栈/模型bioinformatics,cell-type-annotation,computational-biology,consensus-algorithm,large-language-models,llm,scanpy,scrna,scrnaseq-analysis,seurat,single-cell
GitHub 星标★ 661
上线时间2025-04-07 00:00:00
代码更新2026-11-09
仓库体积84.4 MB
本站数据更新2026-11-09
维护状态活跃
收录时间2026-08-09
浏览次数3

项目介绍

mLLMCelltype 是一个利用多种大语言模型（LLM）进行单细胞 RNA 测序数据细胞类型注释的开源工具。它通过集成多个 LLM 的共识结果，解决传统注释方法依赖标记基因库、泛化能力差和人工成本高的问题。核心能力包括：自动从单细胞数据中提取特征基因，调用多个 LLM 进行独立注释，并通过投票或加权机制综合出最终细胞类型标签。该工具支持主流 LLM 接口（如 GPT、Claude 等），提供 Python API 和命令行界面，可无缝嵌入现有单细胞分析流程（如 Scanpy）。其优势在于无需训练即可适配新组织或新物种，显著提升注释的准确性和可解释性。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化，观测越久曲线越完整

数据来源：GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-08-09 · 当前星标 ★ 661

使用教程

难度：进阶 约 40 分钟 部署方式：本地安装 4 步

环境要求

  • Python 3.9+
  • 单细胞分析环境
  • 多个模型 API Key

安装与启动步骤

  1. 1安装

    单细胞注释工具，pip 装核心。

    pip install mllmcelltype

  2. 2装模型客户端

    多模型共识需要多个厂商的客户端。

    pip install "mllmcelltype[all]"

  3. 3准备单细胞数据

    标准格式的表达矩阵与基因名，注释质量全靠输入干净。

  4. 4跑注释

    多模型交叉验证能减少单个模型幻觉。

如何确认成功

能输出细胞类型注释与置信度

注意事项

  • 多模型意味着成本成倍上升，先小样本评估。
  • 基因命名规范不统一会显著影响准确率。

核心亮点

  • 集成多LLM共识，降低单一模型偏差，注释更可靠
  • 无需训练，开箱即用，适配新数据集的泛化能力强
  • 提供Python API和CLI，易于集成到Scanpy等现有流程

不足之处

  • 依赖外部LLM API，需联网且产生费用
  • 文档/社区待观察

适用场景

  • 单细胞转录组数据细胞类型标注
  • 跨物种或新组织类型的注释（缺乏参考标记库时）
  • 自动化单细胞分析流程中的快速初步注释

替代项目

CellTypist、scArches、ItClust

上一篇：FM-AD-Survey

下一篇：awesome-multimodal-in-medical-imaging

同类项目推荐

awesome-ai-in-finance 开源

金融 AI 资源一页全收，快速找到量化与 LLM 交易工具

A curated list of awesome LLMs & deep learning strategies & tools in financial marke···

★ 6736 2026-09-16
tickflow-stock-panel 开源

自托管 A 股量化台，LLM 驱动选股回测，零运维开箱即用

TSP自托管、零运维的 A 股「自建策略 + 监控 + 回测」量化工作台 | LLM能力驱使策略定制+···

★ 7404 2026-08-09
MedFM 开源

一键复现医学影像基础模型挑战赛，快速微调评测

Official Repository of NeurIPS 2023 - MedFM Challenge

★ 263 2026-08-09
PigHealthSmartMedicine 开源

养猪看病问AI，症状输入秒出诊疗方案

本项目是一个基于 RAG 的生猪健康管理智慧医药系统，集成了 AI 兽医诊断、疾病管理、药品管···

★ 198 2026-08-09
agriculture-portal 开源

一个平台搞定作物推荐、产量预测和农资购买

ML solutions and other API based features to support Agriculture and Farmers. Goto W···

★ 143 2026-08-09
PaiPai 开源

用 GoZero 微服务打造能接入大模型的智能 IM 系统

A super handy instant messaging app that mixes microservices with AI big models, loa···

★ 90 2026-08-09
AI_SOC 开源

让 LLM 多智能体自动研判 Wazuh 告警，减少 SOC 人工翻日志

Open-source AI-augmented Security Operations Center using LLMs + Multi-Agent Orchest···

★ 175 2026-10-02
open-trading-api 开源

用Python轻松接入韩国证券交易，还能让AI帮你下单

Korea Investment & Securities Open API Github

★ 1661 2026-08-09
volta 开源

用 AI 把 GitHub 收件箱变清爽，维护者不再被通知淹没。

The AI-powered GitHub inbox for open-source maintainers.

★ 63 2026-08-09