pygtftk

命令行搞定 GTF 文件，基因组注释处理不再愁

开源 🏷️完全免费 🔧 仅开源项目，无在线服务，需自行部署 音频音乐 🍴 复刻 6 🐛 待处理 22 👀 关注 4
GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 52
维护状态 低维护
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 开源项目，GPL-3.0许可，完全免费，可自行部署使用。

项目预览

pygtftk 项目界面预览图
图片来源：GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类音频音乐
开发团队dputhier
GitHubhttps://github.com/dputhier/pygtftk
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源项目，GPL-3.0许可，完全免费，可自行部署使用。
访问状态🔧 仅开源项目，无在线服务，需自行部署
是否开源是
开源协议GPL-3.0
主要语言Python
技术栈/模型bed,bigwig,bioinformatics,cds,chip-seq,dna-sequences,exon,gene,genomic,genomics,gtf,intron,ngs,rna-seq,splicing,transcript,tss,tts
GitHub 星标★ 52
上线时间2018-05-29 00:00:00
代码更新2026-01-20
仓库体积146.4 MB
本站数据更新2026-11-08
维护状态低维护
收录时间2026-08-09
浏览次数4

项目介绍

pygtftk 是一个用于处理 GTF 文件的 Python 包和命令行工具集。GTF 是基因组注释的通用格式，包含基因、转录本、外显子、CDS 等特征信息。该工具解决生物信息学中 GTF 文件解析、过滤、转换和统计的重复劳动问题。核心能力包括：读取和写入 GTF/GFF 格式，按基因、转录本等层级进行筛选和操作，支持与 BED、bigWig 等格式交互，提供 shell 命令便于管道集成。它面向 RNA-seq、ChIP-seq 等 NGS 数据分析流程，帮助研究人员高效处理基因组注释，减少脚本编写时间。项目处于早期阶段，功能正在完善中。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化，观测越久曲线越完整

数据来源：GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-08-09 · 当前星标 ★ 52

技术标签

核心亮点

  • 提供丰富的 shell 命令，可直接在终端处理 GTF，无需写 Python 脚本
  • 支持与 BED、bigWig 等常见基因组格式交互，方便整合到现有流程
  • 基于 Python，易于扩展和二次开发，适合生物信息学开发者

不足之处

  • 文档/社区待观察
  • 项目较早期，功能覆盖可能不如成熟工具全面

适用场景

  • RNA-seq 数据分析中，对基因注释文件进行过滤和格式转换
  • ChIP-seq 峰值注释时，将 GTF 与 peak 文件结合分析
  • 教学或科研中，快速提取特定基因或转录本的结构信息

替代项目

gffread、AGAT、GffCompare

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