pygtftk 是行业应用领域的开源项目，由 dputhier 开发，2018 年首次发布。
它收录于行业应用分类，该分类目前共有 544 个项目，GitHub 星标数为 52。
项目已超过三个月没有代码更新，维护节奏明显放缓，最近一次代码更新于 2026-07-07。GPL-3.0许可，完全免费，可自行部署使用。
它主要面向的使用场景是：RNA-seq数据分析中，对基因注释文件进行过滤和格式转换。同类可对比的替代方案包括 gffread、AGAT、GffCompare。
pygtftk
命令行搞定 GTF 文件，基因组注释处理不再愁
pygtftk 是一个用于处理 GTF 文件的 Python 包和命令行工具集。GTF 是基因组注释的通用格式，包含基因、转录本、外显子、CDS 等特征信息。该工具解决生物信息学中 GTF 文件解析、过滤、转换和统计的重复劳动问题。核心能力包括：读取和写入 GTF/GFF 格式，按基因、转录本等层级进行筛选和操作，支持与 BED、bigWig 等格式交互，提供 shell 命令便于管道集成。它面向 RNA-seq、ChIP-seq 等 NGS 数据分析流程，帮助研究人员高效处理基因组注释，减少脚本编写时间。项目处于早期阶段，功能正在完善中。
开源
free
音频音乐
GitHub 星标
★ 52
维护状态
低维护
是否开源
是
定价模式
free
项目数据
分类音频音乐
开发团队dputhier
所属国家
定价模式free
价格说明开源项目，GPL-3.0许可，完全免费，可自行部署使用。
访问状态
是否开源是
开源协议GPL-3.0
主要语言Python
技术栈/模型bed,bigwig,bioinformatics,cds,chip-seq,dna-sequences,exon,gene,genomic,genomics,gtf,intron,ngs,rna-seq,splicing,transcript,tss,tts
GitHub 星标★ 52
30天Star增速
HF 下载量
上线时间2018-05-29 00:00:00
最近更新2026-07-07 00:00:00
维护状态低维护
中文支持
访问方式
移动端支持
综合评分
收录时间2026-08-09
浏览次数3
使用教程
核心亮点
- 提供丰富的 shell 命令，可直接在终端处理 GTF，无需写 Python 脚本
- 支持与 BED、bigWig 等常见基因组格式交互，方便整合到现有流程
- 基于 Python，易于扩展和二次开发，适合生物信息学开发者
不足之处
- 文档/社区待观察
- 项目较早期，功能覆盖可能不如成熟工具全面
适用场景
- RNA-seq 数据分析中，对基因注释文件进行过滤和格式转换
- ChIP-seq 峰值注释时，将 GTF 与 peak 文件结合分析
- 教学或科研中，快速提取特定基因或转录本的结构信息
替代项目
gffread、AGAT、GffCompare
项目介绍
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