ProteinWorkshop

统一蛋白质表示学习的数据、模型与评测流程

开源 🏷️完全免费 ⏳ 访问状态待核验 评测安全 🍴 复刻 22 🐛 待处理 9 👀 关注 4
访问官网 ↗ GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 279
维护状态 活跃
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 开源免费,官网提供文档与基准资源

项目预览

ProteinWorkshop 项目界面预览图
图片来源:GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类评测安全
开发团队a-r-j
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源免费,官网提供文档与基准资源
访问状态⏳ 访问状态待核验
是否开源是
开源协议MIT
主要语言Python
技术栈/模型benchmark,dataset,deep-learning,lightning,pretraining,protein,protein-structure,pytorch
GitHub 星标★ 279
上线时间2023-05-17 00:00:00
代码更新2026-10-30
仓库体积19.7 MB
本站数据更新2026-10-31
维护状态活跃
收录时间2026-10-31
浏览次数0

项目介绍

ProteinWorkshop 是一个面向蛋白质表示学习的基准测试框架,收录了大量预训练与下游任务数据集、模型以及训练和任务工具,发表于 ICLR 2024。它要解决的问题是:蛋白质结构/序列表示学习领域模型与数据集众多,但实验设置、数据划分和评测口径不统一,导致不同论文结果难以横向比较。框架把数据加载、模型接口、训练流程和评测指标标准化,用户可以在同一套配置下切换数据集与模型,做可复现的对比实验。核心能力包括:统一的数据集与任务抽象(如结构级、残基级、图级任务)、多种预训练与下游模型接入、基于 PyTorch Lightning 的训练与评测工具链,以及便于扩展新数据集和新模型的插件式设计。适合做蛋白质机器学习研究、需要复现基线或快速搭建对比实验的团队。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化,观测越久曲线越完整

数据来源:GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-10-31 · 当前星标 ★ 279

核心亮点

  • 把数据集、模型、训练与评测统一抽象,减少重复造轮子的实验搭建成本
  • 提供多种预训练与下游任务的标准配置,便于复现基线和横向对比
  • 基于 PyTorch Lightning,训练流程与日志、分布式等工程能力开箱可用

不足之处

  • 蛋白质数据集体积大,完整跑通基准对存储和算力要求较高
  • 生态相对早期,社区规模与第三方模型/数据集的覆盖仍在增长中

适用场景

  • 蛋白质表示学习论文的基线复现与消融实验
  • 新蛋白质模型在多个下游任务上的统一评测
  • 教学或团队内部搭建标准化的蛋白质机器学习实验流程

替代项目

OpenFold、TorchProtein、Graphein

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