kimimaro

一键提取3D分割骨架,助力神经元与血管分析

开源 🏷️完全免费 🔧 仅开源项目,无在线服务,需自行部署 计算机视觉 🍴 复刻 30 🐛 待处理 16 👀 关注 23
GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 224
维护状态 活跃
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 开源项目,GPL-3.0许可,可自由使用和修改,无付费版本。

项目预览

kimimaro 项目界面预览图
图片来源:GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类计算机视觉
开发团队seung-lab
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源项目,GPL-3.0许可,可自由使用和修改,无付费版本。
访问状态🔧 仅开源项目,无在线服务,需自行部署
是否开源是
开源协议GPL-3.0
主要语言C++
技术栈/模型biomedical-image-processing,centerline,centerline-extraction,computer-vision-algorithms,connectomics,cross-section,cross-section-area,image-segmentation,medial-axis-transform,python,skeletonization,skeletons,teasar,volumetric-data,voxel
GitHub 星标★ 224
上线时间2019-01-16 00:00:00
代码更新2026-11-05
仓库体积13.5 MB
本站数据更新2026-11-09
维护状态活跃
收录时间2026-08-10
浏览次数6

项目介绍

kimimaro 是一个用于三维图像分割骨架化的开源工具,基于 TEASAR 算法实现中轴变换。它主要解决生物医学图像分析中,对密集标注的 3D 分割结果提取中心线或骨架的问题,例如神经元重建、血管网络分析等。其核心能力包括:高效处理大规模体素数据,支持多类标签同时骨架化,并能生成拓扑保持的单体素宽骨架。该工具采用 C++ 编写,性能优异,适用于连接组学等对精度和速度要求高的场景。通过提供简洁的 API,用户可以方便地将分割掩膜转换为可用于后续分析或可视化的骨架结构。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化,观测越久曲线越完整

数据来源:GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-08-10 · 当前星标 ★ 224

技术标签

核心亮点

  • 基于 TEASAR 算法,骨架提取精度高,拓扑保持好
  • C++ 实现,处理大规模体素数据速度快
  • 支持多类标签同时骨架化,适合复杂场景

不足之处

  • 文档相对简略,上手可能需要参考论文
  • 社区规模较小,示例和教程有限

适用场景

  • 神经科学中神经元形态重建
  • 生物医学图像中血管网络中心线提取
  • 材料科学中孔隙或纤维结构分析

替代项目

scikit-image (skeletonize)、TEASAR (Python 实现)、Vaa3D

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