plinder

统一蛋白质-配体数据与评测，让模型对比更公平

开源 🏷️完全免费 🚫 站点已失效 数据集 🍴 复刻 24 🐛 待处理 10 👀 关注 11
访问官网 ↗ GitHub ↗
GitHub 星标 ★ 315
维护状态 活跃
是否开源 开源
定价模式 🏷️完全免费 支持限时试用 · 开源数据集，官网可免费访问下载

项目预览

plinder 项目界面预览图
图片来源：GitHub 官方仓库名片

项目数据

分类数据集
开发团队plinder-org
官网地址https://plinder.sh
GitHubhttps://github.com/plinder-org/plinder
定价模式🏷️完全免费
价格说明开源数据集，官网可免费访问下载
访问状态🚫 站点已失效
是否开源是
开源协议Apache-2.0
主要语言Python
GitHub 星标★ 315
上线时间2024-07-17 00:00:00
代码更新2026-11-02
仓库体积55.3 MB
本站数据更新2026-11-05
维护状态活跃
收录时间2026-09-21
浏览次数2

项目介绍

plinder 是一个面向蛋白质-配体相互作用研究的开源数据集与评测资源，全称 Protein Ligand INteraction Dataset and Evaluation Resource。它解决的核心问题是：在药物发现和结构生物学中，不同研究使用的训练/测试划分标准不统一，导致模型性能难以公平比较。plinder 提供经过整理、去冗余的蛋白质-配体复合物数据，并配套标准化的评测协议，让研究者能在同一基准上训练和评估打分函数、对接模型、亲和力预测等任务。项目以 Python 实现，包含数据下载、预处理、划分与评测工具，支持从原始结构到可用数据集的完整流程。其核心能力包括：统一的数据清洗与质量控制、基于序列和结构的冗余去除、可复现的训练/验证/测试划分，以及面向常见任务的评测指标。适合计算化学、AI 制药和结构生物信息学团队作为基准数据源使用。

Star 增长趋势

本站每日记录该项目 GitHub 星标变化，观测越久曲线越完整

数据来源：GitHub API 逐日快照 · 收录于 2026-09-21 · 当前星标 ★ 315

核心亮点

  • 提供标准化数据划分与评测协议，减少不同论文间因划分差异导致的性能不可比问题
  • 包含数据清洗、去冗余和质量控制流程，可直接生成可复现的训练/测试集
  • Python 工具链完整，覆盖从原始结构下载到评测指标计算的端到端使用

不足之处

  • 项目星标数较少，社区生态和第三方集成尚在早期
  • 文档和示例可能不够丰富，新用户上手需要一定结构生物学背景

适用场景

  • 训练和评估蛋白质-配体亲和力预测模型时，作为统一基准数据集
  • 开发分子对接或打分函数时，用标准化测试集对比不同算法性能
  • AI 制药团队构建内部数据管道时，参考其去冗余与划分策略

替代项目

PDBbind、DUD-E、CrossDocked2020

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