ontogpt

环境要求

• Python 3.10 或更高版本
• OpenAI API 密钥（用于访问 LLM）
• 可访问外网以拉取所需本体（如通过 OAK 注解器）

安装与启动步骤

1. 1检查 Python 版本

   确认本机 Python 版本不低于 3.10，否则 pip 安装后可能无法正常运行。

   python --version

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2. 2安装 OntoGPT

   用 pip 从 PyPI 安装 ontogpt 包，安装后会提供 ontogpt 命令行入口。

   pip install ontogpt

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3. 3配置 OpenAI 密钥

   用 runoak 的 set-apikey 命令把 OpenAI 密钥写入配置，供 OntoGPT 调用模型使用。

   runoak set-apikey -e openai sk-xxxxxxxx

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4. 4查看可用命令

   执行 help 列出 OntoGPT 的全部子命令，确认安装成功并了解可用功能。

   ontogpt --help

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5. 5准备示例文本

   把待抽取的一句话写入 example.txt，作为抽取命令的输入文件。

   echo "One treatment for high blood pressure is carvedilol." > example.txt

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6. 6运行抽取示例

   用 drug 模板对示例文本做信息抽取，会自动获取所需本体并输出结果。

   ontogpt extract -i example.txt -t drug

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关键配置

如何确认成功

执行 ontogpt --help 能列出所有子命令；抽取运行时命令行输出 extracted_object 与 validation 两个区段即成功。

常见问题

注意事项

• OntoGPT 不直接让模型生成本体标识符，而是先取名称再通过 OAK 注解器 grounding 并校验，降低幻觉风险。
• 抽取结果同时输出 extracted_object（抽取对象）和 validation（校验结果）两部分，建议都查看。
• 自定义模板、递归抽取等高级用法请查阅官方文档 https://monarch-initiative.github.io/ontogpt/。