nucleotide-transformer

用大模型读懂DNA序列,一键提取基因组特征

Nucleotide Transformer 是一个面向基因组学和转录组学的开源基础模型项目,旨在利用大规模预训练 Transformer 架构来学习 DNA 序列的通用表示。它解决了传统生物信息学方法依赖人工设计特征、难以捕捉长程依赖关系的问题,能够直接从未标注的基因组序列中自监督学习,从而为下游任务(如基因表达预测、剪接位点识别、调控元件注释等)提供强大的序列嵌入。核心能力包括:提供多个不同参数规模(如 500M、2.5B)的预训练模型,支持自定义微调,并附带完整的训练和推理代码。该项目基于 Jupyter Notebook 和 PyTorch 实现,适合研究人员快速上手,推动 AI 在精准医学和基因组研究中的应用。

开源 free 开源模型
访问官网 ↗ GitHub ↗ 文档 ↗
GitHub 星标 ★ 922
维护状态 低维护
是否开源 是
定价模式 free

项目数据

分类开源模型
开发团队instadeepai
所属国家
官网地址
定价模式free
价格说明开源模型,本地部署,完全免费
访问状态
是否开源是
开源协议NOASSERTION
主要语言Jupyter Notebook
技术栈/模型biology,deep-learning,dna,foundation-models,genomics,transcriptomics,transformer
GitHub 星标★ 922
30天Star增速
HF 下载量
上线时间2023-01-24 00:00:00
最近更新2026-09-23 00:00:00
维护状态低维护
中文支持
访问方式
移动端支持
综合评分
收录时间2026-08-09
浏览次数4

使用教程

核心亮点

  • 提供从500M到2.5B的多尺寸预训练模型,覆盖不同算力需求
  • 自监督预训练,无需标注数据即可学习DNA通用表征
  • 附带微调示例,可轻松适配基因表达、剪接位点等下游任务

不足之处

  • 文档偏学术,缺少面向初学者的快速上手指南
  • 模型体积大,推理和微调对硬件要求较高

适用场景

  • 基因组序列的特征提取与嵌入表示
  • 基因表达调控元件的预测与注释
  • 疾病相关突变影响的初步筛查

替代项目

DNABERT、Enformer、HyenaDNA

项目介绍

nucleotide-transformer 是开源模型领域的开源项目,由 instadeepai 开发,2023 年首次发布。

在全站 13,090 个收录项目中,它的 GitHub 星标数(922)位列前 30%,在开源模型分类中处于中上游。

项目已超过三个月没有代码更新,维护节奏明显放缓,最近一次代码更新于 2026-09-23。本地部署,完全免费。

它主要面向的使用场景是:基因组序列的特征提取与嵌入表示。同类可对比的替代方案包括 DNABERT、Enformer、HyenaDNA。

上一篇:ONE-PEACE

下一篇:hyena-dna

同类项目推荐

Machine-Learning 开源

跟着博客笔记,边看边跑机器学习代码

All content related to machine learning from my blog

★ 115 2026-08-09
awesome-ltx2 开源

找齐 LTX-2 模型、工作流和 LoRA,一键上手视频生成。

All available LTX-2 models, encoders, workflows, LoRAs for ComfyUI

★ 593 2026-08-10